ממשק המעבר הגס חסום עבור אנשים עם תקופות מסוימות או תנאים רפואיים. הנה רשימה של מצבים שיכולים לחסום את הניתוח:

• סיכון אנסטזיה ברמה שאין אפשרות לקבל אותו
• הריון
• סרטן מוכר
• דלקת בטן פעילה
• צהבת כבד Child C
• מצבי פסיכופתולוגיים לא מאוזנים
• התמכרות פעילה לתרופות

כמו כן, ישנן עוד כמה מצבים אשר עשויים לחסום את הניתוח של בריאטריה. הנה רשימה של חסימות יחסיות:

• טיפול לא מספק של בעיות אנדוקריניות קיימות מראש
• השימוש בסיגריות
• מצב כלכלי חברתי נמוך (שלא יהיה ניתן לעמוד בדרישות התזונה אחרי הניתוח)
• אנמיה וחוסרי מזון

ולמעשה, ישנן גם מצבים מיוחדים שיכולים לחסום את הניתוח של Mini Gastric Bypass:

• מחלת קרוהן ומחלות דלקתיות במעי הדק. מאחר שאין ברור איך מחלות אלו המעי הדק, מומלץ להעדיף ניתוח של מעי המעי, ולהימנע מפעולה במעי הדק.
• מעי קצר ראשוני, כלומר אורך המעי הכולל שלא חורך או מקוצר בכל אמצעי ניתוח.

כאשר מיושם בצורה נכונה, ממשק המעבר הגס הוא ניתוח בטוח ויעיל, אך סטנדרטיזציה של הטכניקה היא חיונית. כאשר מצומצם נוגע בקפיצות, הדרכה צמודה מאוד לטכניקה יכולה להפחית בצורה משמעותית את התופעות הלוואי האפשריות.